Written by 13:16 Wetenschapsles

Wetenschapsles: Open Science

Auteur: Nick Weaver, PhD-student UMC Utrecht

Het zal je vast wel eens overkomen zijn: een digitaal artikel of boek dat je graag wil raadplegen is niet toegankelijk. Althans, tenzij je zeventig euro over hebt. Je probeert het nog via PubMed, maar de moed zakt je in de schoenen als de rode UBU-link niet in de hoek verschijnt. Vreemde zaak eigenlijk, want het doel van publiceren is toch dat informatie beschikbaar komt? Veel onderzoekers en beleidsvormers zijn het daarmee eens; dit is dan ook een kernpunt van de zogeheten “open science” beweging. Het zal je niet zijn ontgaan dat open science een hot topic binnen de wetenschappelijke wereld is. Wat moet jij als student, (bio)medicus of wetenschapper weten over open science? Wij zetten de belangrijkste termen op een rij. 

1. Open Science

Er is geen eenduidige definitie van open science. Het is een parapluterm voor een transparante manier van wetenschappelijk handelen, waarin openheid en samenwerking centraal staan. De Europese Commissie definieert open science als: “a new approach to the scientific process based on cooperative work and new ways of diffusing knowledge by using digital technologies and new collaborative tools. […] shifting from the standard practices of publishing research results in scientific publications towards sharing and using all available knowledge at an earlier stage in the research process” (bron: European Commission). Open science overstijgt dus alle aspecten van de wetenschappelijke werkwijze. Het gaat niet alleen over het openbaar maken van wetenschappelijke resultaten, maar ook om keuzes die eerder in het proces worden gemaakt. Bijvoorbeeld hoe protocollen, software en onderzoeksdata worden gedeeld, of stappen die genomen worden om maatschappelijke betrokkenheid en communicatie te vergroten. Beleidsmakers kiezen er vaak voor om open science in thema’s in te delen, zodat er concrete doelen gesteld kunnen worden. In essentie kan open science echter beter gezien worden als bewuste werk- en denkwijze en niet een vaststaande set aan regels. 

2. Open Access

Open access betreft het zo veel mogelijk openbaar maken van wetenschappelijke resultaten en publicaties. Sommige wetenschappelijke tijdschriften zijn alleen toegankelijk als je hiervoor een abonnement hebt. Als student kan je gebruik maken van de abonnementen van de Universiteit Utrecht (via de UBU-link). Dit kost de universiteit een hoop geld. Deze informatie is door de financiële of sociale drempels niet voor iedereen toegankelijk; zoals voor ziekenhuizen in ontwikkelingslanden, kleinere ondernemingen of zelfstandige artsen in Nederland. Steeds meer tijdschriften bieden de optie om artikelen met open access te publiceren, hoewel het vaak duizenden euro’s extra kost om de rechten af te kopen. 

Een belangrijke ambitie binnen open science is: 100% open access publiceren. Op Europees niveau werd Plan S geïnitieerd vanuit een internationale groep van onderzoek financiers uit twaalf landen, waaronder de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO). In dit plan staat dat vanaf 1 januari 2021 alle wetenschappelijke artikelen die voortkomen uit Europese subsidies voor iedereen toegankelijk moeten zijn. Het idee is dat dit op twee manieren kan. Allereerst de “gouden route”, wat inhoudt dat een artikel door een uitgever wordt gepubliceerd in een wetenschappelijk tijdschrift. Daarnaast is er de “groene route” die gebaseerd is op zelfarchivering. Onderzoekers mogen daarmee hun artikel, los van een publicatie in een tijdschrift, middels een open licentie in een institutionele repository (bijvoorbeeld de universiteitsbibliotheek) of vakspecifieke repository (bijvoorbeeld ArXiv of PubMedCentral) plaatsen.

3. Open Data

Open data betreft het beschikbaar stellen van studiematerialen, data, software en scripts. Het doel hiervan is om onderzoeker beter reproduceerbaar en repliceerbaar te maken (zie aparte secties), zodat bias en fouten in gepubliceerd werk tot een minimum wordt beperkt. Data dient gedeeld te worden op een FAIR manier: Findable, Accessible, Interoperable en Reusable. Findable en Accessible gaan met name over waar onderzoeksdata wordt opgeslagen. Steeds meer tijdschriften stellen de voorwaarde dat voldoende data openbaar gedeeld wordt om een experiment te kunnen checken en herhalen. Dit kan bijvoorbeeld in een online archief (zie o.a. Open Science Framework: osf.io). Interoperable en Reusable gaan over het format van de data. Bij voorkeur wordt data beschikbaar gesteld in een vorm die door iedereen gebruikt kan worden. Voor tekst wordt vaak Microsoft Word gebruikt, maar dit is gepatenteerd. Tekstbestanden (.txt) daarentegen zijn wel rechtenvrij. Helaas kan niet zomaar alle data worden gedeeld, zeker niet als het gaat om patiëntgegevens, zoals in veel (bio)medisch onderzoek. De recent ingevoerde Algemene verordening gegevensbescherming maakt dit in veel opzichten extra lastig. Het doel lijkt vooral te zijn dat er in een vroeg stadium wordt nagedacht over hoe en wat er gedeeld kan worden. Zo geeft de Universiteit Utrecht in hun beleidsplan aan dat zij het volgende adagium aanhouden: “as open as possible, as closed as necessary”. 

4. Reproduceerbaarheid 

Een fundamenteel principe van open science is dat analyses en resultaten reproduceerbaar moeten zijn. Oftewel: kan met dezelfde data en statistische analyse bij herhaling (ook door iemand anders) hetzelfde resultaat worden gevonden? Om reproductie mogelijk te maken moeten data, software en scripts veilig en gestructureerd opgeslagen worden. Ook moet het op een later moment weer herleid kunnen worden. Denk hierbij aan het apart houden van ruwe data, tussentijdse versies van je database en manuscript opslaan, en back-ups van je data maken op verschillende locaties. Dit klinkt allemaal erg simpel en logisch, maar fouten in data management kunnen onverwacht grote gevolgen hebben. Een Nature artikel uit 2013 werd ingetrokken omdat de onderzoekers het niet eens konden worden over de inhoud van de originele database (zie Brown et al. 2013).

5. Repliceerbaarheid 

Wagenmakers en collega’s hebben het belang van repliceerbaarheid mooi verwoord: “Research findings that do not replicate are worse than fairy tales; with fairy tales the reader is at least aware that the work is fictional”. In contrast met reproductie gaat het bij replicatie om herhalen van een experiment in een onafhankelijke dataset, om te onderzoeken of dezelfde resultaten worden gevonden bij gebruik van dezelfde methode. Net als bij reproductie is het hierbij belangrijk dat studieprocedures en analysemethoden duidelijk worden vastgelegd. Bij voorkeur gebeurt dit voorafgaand aan een studie middels bijvoorbeeld een trial-registratie, zodat verschillende vormen van bias worden voorkomen. De zogeheten “replicatie crisis” is op dit moment een enorm probleem in de wetenschappelijke wereld. Dit wordt verder besproken in de rubriek Science Revisited. 

Bronnen

  • Crüwell S, van Doorn J, Etz A, Makel MC, Moshontz H, Niebaum J, Orben A, Parsons S, Schulte-Mecklenbeck M. 7 Easy Steps to Open Science: An Annotated Reading List.
  • Brown WM, Cronk L, Grochow K, Jacobson A, Liu CK, Popovic Z, Trivers R. Dance reveals symmetry especially in young men (Retraction of vol 438, pg 1148, 2005). Nature. 2013;504(7480):470-.
  • Utrecht University Open Science Programme 2018-2021, Version 1.0, 22-11-2018; https://www.uu.nl/en/research/open-science
  • https://ec.europa.eu/programmes/horizon2020/en/h2020-section/open-science-open-access
  • Wagenmakers EJ, Wetzels R, Borsboom D, van der Maas HL, Kievit RA. An agenda for purely confirmatory research. Perspectives on Psychological Science. 2012 Nov;7(6):632-8.
(Visited 38 times, 1 visits today)
Close